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此前，有关周口店发掘的一批学术论文，贾兰坡早就想写出来，因当时以发掘实物标本为主，且杂事甚多，这一愿望难以实现。
而如今，周口店发掘被迫停止，正是研究实物标本、撰写论文的时候，只是发掘的材料都在新生代研究室，要写论文就不能脱离实物，要亲手触摸实物，又必须到混乱不堪的协和医学院去上班。
于是，贾兰坡在返回北平后的第四天一早，便到新生代研究室上班去了。
这时的贾兰坡，并不清楚日军已经占领了协和医学院。
上班第一天，他刚刚来到东单北大街路西的娄公楼门前，就发现气氛异常：协和医学院大门口，不但原来的看门人坐在那里木然不动，脸上失去了往日的诚恳与热情，而且大门的两边，还增添了几名站得笔直、持着长枪的日本宪兵；这些荷枪实弹的日本兵对进去的人似乎管得不是那么严，但对每个从协和医学院里出来的人，则必须搜遍全身，并对所携带的东西进行严格检查。
由于看门人还是老熟人，并不知道贾兰坡曾到南京走了一趟，再加上他手中持有总务长博文亲自签署的出入证，在路过大门时，贾兰坡只将出入证掏出来晃了一晃，便大模大样地走了进去。
贾兰坡刚刚走进协和医学院娄公楼108室，听到的第一个消息就是：“北京人”
化石失踪了！
“怎么会呢？不是早都做了安排吗？”
望着议论纷纷的几个熟人，贾兰坡惊得目瞪口呆。
他知道，在周口店发现的所有人类化石，包括“北京人”
和山顶洞人以及一些灵长类化石，其中还有一个非常完整的猕猴头骨，全都保存在协和医学院西楼解剖系地下室的保险柜里，任何人都不能轻举妄动。
特别是“北京人”
化石，平常研究的时候，都是用仿制的模型，除非有特别用途或有要人来参观，否则是绝对不能从保险柜中取出真品的。
可现在，“北京人”
化石标本却下落不明，或说神秘失踪了！
这究竟是怎么回事呢？
几天之后，贾兰坡又从别处得到消息，“北京人”
确实失踪了。
并且，除了已经装好的两箱“北京人”
化石，他亲自带领技工们装载的六十七箱动物化石、三十多箱书籍，以及清华大学地质系袁复礼教授随校南迁之前，存放于新生代研究室的十多箱爬行类化石和私人文稿，都遭到日本占领者的捣毁或付之一炬。
贾兰坡清楚地记得，由周口店龙骨山发掘出土并运到新生代研究室的六十七箱动物化石包括：北京人遗址的肿骨鹿、斑鹿、犀牛及其他动物；第9地点和第13地点的鹿类、水牛、犀牛及介壳化石；第14地点的鱼化石；湖北宜昌独角兽头骨的左半部；北京人遗址的裴氏转角羚羊颈骨；第3地点的介壳；安阳绿龟；山东山旺古犀前后肢骨及植物化石；山顶洞赤鹿角；山西武乡的中国肯氏兽；以及山顶洞的熊、虎、猩、兔、狼、狐等化石。
这些化石都是贾兰坡和其他科学工作者多年汗水的结晶，想不到竟落入日本人之手并遭到劫难。
贾兰坡还得知，日军占领协和医学院后不久，长谷部言人、高井冬二以及日本宪兵队，到处寻找“北京人”
化石标本，致使很多人都受到了牵连和拷问。
除了院长胡顿、总务长博文、秘书息式白和裴文中等人外，协和医学院解剖科的马文昭教授也被抓进了日本宪兵队。
到了最后，连用小车帮博文运送“北京人”
化石到F楼4号保险库的工人常文学也被抓，并在日军宪兵队被打得皮开肉绽、死去活来。
至于亲自参与了“北京人”
化石装箱的胡承志，当然是日本人追查的重点对象，只是当日本人要抓他的时候，深知利害关系的胡氏已鞋底抹油，偷偷离开北平，躲到南京去了。
兵荒马乱中，日本人一时找不到他，胡承志算是躲过了一劫。
至于贾兰坡，知情的日本人知道他确实没有参与“北京人”
化石最后的转移工作，因而未将他列为重点追查对象。
但日本人接管协和医学院后，还是对他进行了追查，但听说他早已“金盆洗手”
，离开新生代研究室，到上海做牙膏皮生意去了，也就未再深究。
然而，令贾兰坡没有想到的是，他回北平一个多星期，日方就派人来对他进行查问，主题自然是围绕“北京人”
化石的下落。
贾兰坡一问三不知，对方无法，只好警告性地提示“如果知道，马上报告，不得有误。
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