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1458年巴黎大学开设了研究希腊文学的讲座，但由于保守派的阻碍，探求古典文化和古代世界的早期人文主义思想在法国传播迟缓。
1494—1515年法国寻衅意大利，王权在战争中不断得以巩固，弗朗索瓦一世趁战争之机向教皇莱昂十世征得向大学学位获得者授予教阶的权力，虽然战争以法国失败而告终，但它却成了“巩固法兰西君主制度的强心剂和诱发法国文艺复兴的催化剂”
[6]。
弗朗索瓦一世不满意巴黎大学保守派固守经院哲学并坚持顽固的教会制度，1530年他主持在大学之外建立了枫丹白露皇家图书馆和法兰西学院，致力于希腊语、拉丁语、希伯来语著作的译介，推动了人文思潮在法国的推广。
与文艺复兴遥相呼应的是16世纪风起云涌的宗教改革。
法国人加尔文在路德宗教革新的基础上提出了“信仰得救”
、“廉价教会”
、新制学校等反传统的主张，赢得了众多追随者。
“自治”
也是加尔文教义中的重要理念，他认为“国家永远不应该成为触角遍及八方的大章鱼，把生活搞僵弄硬”
[7]，政府应该尊重维护每一种生命形态，承认他们神圣的自主权，特别是各行业中的权威，而大学就是学术领域的权威。
1562年，天主教在瓦西镇大肆屠杀加尔文派新教徒[8]，挑起了法国持续36年之久的宗教战争，大学内部也分裂出天主教派和胡格诺教派，巴黎大学成为两派相争的对象。
战争直至1598年亨利四世颁布“南特赦令”
才得以平息，此后法国开始奉行重商主义，推行财政改革，进行殖民扩张，王室的权力得以不断加强。
亨利四世深谙大学的重要性，刚一上台就指定了一个六人小组为大学制定章程，这一工作于1600年完成，新制定的章程对各个学院各方面管理工作都做出了详实的规定，具有法律效力。
到1715年“太阳王”
路易十四去世时，法国经历了旧制时期最为辉煌的时代，成为欧洲最重要的政治和文化中心，而“王权对于学术的控制也达到了一个顶峰”
[9]。
18世纪，法国的封建制度逐渐走向没落，资本主义经济进一步发展，以理性哲学和科学精神为基础的启蒙运动逐渐兴起。
这一思想运动是文艺复兴反封建、反教会斗争的继续和发展，虽然像笛卡儿、帕斯卡尔等著名启蒙思想家都并非来自大学，但其著作与精神仍然深入大学。
教会企图通过封禁孟德斯鸠、布封、卢梭等人的进步作品控制大学的课堂，不料反而引发了哲学与宗教之争，最终1762年法国国会作出解散耶稣会学校的决议，从而促进了学术的进一步发展。
1766年，政府打破了耶稣教士对大学教师职位的垄断，设立了教师资格考试（coucoursdel&#ation），这一考试聘用制度一直延续至今。
另外，为了满足国家工业的发展，政府在大学之外还陆续建立了一些行业性学校，1716年奥尔良公爵成立了“路桥人才集团”
（corpsdesPonts），即日后著名的法国路桥学院（EcoledesPoChaussées），1749年“皇家工程学院”
（EcoleduCenie）在梅兹尔（Meiziers）成立，1780年罗什福柯·里昂古尔（DucdelaRochefoucourt）成立了“工艺与技术学院”
（EcoledesArtsetMétiers）。
旧制度与中央集权的现代性相碰撞最终在法国爆发了大革命。
1789年革命党人攻占巴士底狱，推翻了君主专政，很快新建立的资产阶级议会通过了“公共教育组织法”
（又称“达鲁法案”
）宣布取缔各种形式的行会，源自中世纪的大学自然也未能幸免。
新政府仿照专业学院的形式也建立了一些工程师学校，为国家培养“技师”
，这包括1794年成立的“巴黎理工学校”
及后来的“公共工程学院”
（Ecolesdestravauxpublics），“综合理工”
（polyteiques），“巴黎卫生学院”
（ecolesdesanté）等专门学院。
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