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基因学和语言学在匈奴单于一族族源追寻过程中陷入了困境，这反映了基因学和语言学在研究族群来源时的局限。
从分子生物学上讲，学者们是用过去古人的DNA与今天生活在欧洲、非洲、亚洲、美洲的人们的DNA进行比较，以判断古人的族群来源。
可是，现代人是古人的后裔，而不是相反。
用现代人的基因来判断古人的族群类别，从逻辑上是本末倒置的。
例如，现代欧洲人的祖先可能并不是生活在欧洲，而是生活在西亚，所以欧洲人祖先的基因型很可能与西亚某些族群更接近，而与现代欧洲人的基因型略远一些。
当我们在欧洲某地发现古人DNA与现代西亚人群接近，而与现代欧洲人群较远时，我们要认识到，这类古人完全可能是欧洲人的祖先。
对语言学来说也类似，用现代蒙古语和现代突厥语来比较匈奴人的语言，也是本末倒置。
真实情况是，匈奴人的语言可能影响了现代蒙古语和现代突厥语的形成，很多匈奴人的词汇、语法被后来的蒙古人等继承和使用，并流传到了今天。
所以，后人可以在现代蒙古语和现代突厥语中找到与匈奴人语言相似的证据，但不能说匈奴人讲所谓的古代蒙古语或者古代突厥语。
那么，基因和语言能告诉我们什么？各个现代族群的亲疏远近。
此外，基因还可以通过突变速率，讲述两个族群最初分开时的大致时间。
我们要知道基因和语言研究的局限性。
回到匈奴单于一族族源的探讨上，如果能够发现大量的匈奴人墓葬，并且明确哪些是匈奴单于一族的墓葬，哪些是普通匈奴人的墓葬，然后分别提取DNA进行分析，应该会对探索匈奴单于一族的来源有一定的帮助。
除了利用基因和语言研究外，还必须借助其他各种信息来分析，包括考古学的各种发现，以及古书中的记载。
《史记·匈奴列传》记载：“当是之时，东胡强而月氏盛。”
在战国后期到秦朝这段时间里，中国北方草原上三强鼎立，西边是月氏，中间是匈奴，东边是东胡，匈奴早期的势力范围是被东西两强限制的。
从这个草原格局判断，匈奴的单于一族也许是蒙古高原本地的族群，或者是从更北边的贝加尔湖地区南迁而来，不太可能是来自中亚或西亚的草原带族群。
特别是盘踞在匈奴西边的月氏，其实力和背景都颇为强大。
还记得卡拉苏克人吗？从族群和语言上看，月氏很可能是卡拉苏克人的后裔之一，因此从基因型上讲，月氏很可能有更多的欧亚大陆西部基因型。
月氏族群可能讲一种古老的语言—吐火罗语，所以月氏以及相关的族群也经常被称为“吐火罗人”
。
吐火罗人在中国境内的活动，可以追溯到克尔木齐人以及南下到罗布泊的“小河公主”
的族群。
月氏在早期匈奴的西边活动，但是学界对其具体的势力范围有所争议。
中国史书记载月氏与另一个族群乌孙“共在敦煌间”
，“俱在祁连、敦煌间”
。
如果按照今天的地理名称，祁连山在青海与甘肃交界处，是河西走廊南界的山脉，而敦煌在甘肃省西部，是河西走廊的最西端。
因此，按说月氏应该活跃在今甘肃河西走廊以及北面邻近的蒙古高原西部一带。
但是，基因研究挑战了这个说法。
针对月氏活跃的时代，学者们在甘肃、宁夏、陕西、山西等古代遗址中获得的古人DNA表明，这些地区都是欧亚大陆东部基因型，并没有欧亚大陆西部基因型的存在。
同时期的新疆地区是欧亚大陆东部和西部基因型共存的，来自西方的族群可能扩张到新疆东部就止步不前了。
所以，拥有欧亚大陆西部基因型的月氏势力可能并没有到达甘肃的河西走廊。
那么，古书中所写的月氏“俱在祁连、敦煌间”
该如何解释呢？正如我们前面谈到的昆仑山名字的变化一样，“祁连山”
一词在古代的指代也是很混乱的，所指的山脉并非今天的这个祁连山。
根据语言学家的研究，不论是昆仑山、祁连山还是今天新疆的天山，它们的名字其实都来自吐火罗语里的“圣天”
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